1368年，徐达、常遇春率领明军进入大都，元顺帝仓皇出逃。此时，元朝在中原的统治虽然宣告终结，但并未彻底退出历史舞台，元顺帝及其后裔退居漠北，继续与明朝对抗，史称北元政权。不论是朱元璋，还是朱棣，都未能将北元灭掉。直到建州女真崛起，皇太极在位时期，才将其彻底解决掉。那么，这到底是怎么一回事呢？
一、攻守转换
朱元璋在位时期，还是想彻底解决掉北元的，为此他多次派兵北征，但却未能如愿，结果还在1371年的岭北之战中遭到惨败。之后，朱元璋调整战略，以以防御为主，让徐达等人在北平、山西一带练兵备边，同时修筑长安，加强防御力量。朱棣在通过靖难之役夺取皇位后，将都城迁到了北京，因此他也想解决北部的隐患。
为此，朱棣先后五次御驾亲征，虽然取得了一些胜利，但依然无法找到北元的残余势力，将其彻底灭掉。之后的明朝逐渐开始走下坡路，而北元也分裂成瓦剌、鞑靼等部。1449年，瓦剌部首领也先在土木堡大破明军，还俘虏了明英宗朱祁镇。数年后，也先自立为汗，号“大元田盛大可汗”。不过，也先很快就失败了，被平章阿剌知院杀死。
二、北元中兴
也先虽然死了，但各部为争夺汗位而不断爆发冲突。直到1479年，一位来自黄金家族的成员成为北元大汗，才彻底结束了草原上的分裂与战乱，此人就是著名的达延汗巴图孟克。经过不断的征战，达延汗结束了元朝灭亡后草原上一百多年的纷乱，重新确立了黄金家族对蒙古各部的统治，使北元政权得以中兴。
由于达延汗实行分封制，因此在他死后，汗位虽然得到传承，但依然内乱不断。不过，汗位一直在达延汗的子孙中传承。与此同时，他们还对明朝构成了不小的威胁。1550年，达延汗的孙子俺答汗率领数万人突破明朝防御，直抵北京城下，给嘉靖帝造成了不小的震动，导致嘉靖帝“苦虏之扰，最厌见‘夷狄’字面”。
三、亡于后金
1571年，俺答与明朝议和，并接受“顺义王”的封号，双方终于实现了和平。然而，明朝的东北部又出现了一个新的对手，这就是努尔哈赤建立的后金政权。此时的北元大汗是察哈尔部的林丹汗，此人想重振达延汗的功业，因此与后金的关系十分紧张。而明朝朝廷也想利用林丹汗来对付后金，于是拿出大量白银作为“市赏”送给林丹汗。
可是，林丹汗深知自己不是后金的对手，只能眼看着右翼蒙古各部倒向后金。1632年四月，皇太极远征林丹汗，林丹汗在得到消息后，仓皇率领十万之众向西逃往鄂尔多斯。两年后，林丹汗因病而死。皇太极又派兵远征，并包围了林丹汗之子额哲的营帐。最终在1635年，额哲被迫向后金投降，并献出元朝的传国玉玺，北元至此彻底灭亡。
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